Das Direktorium der Fraunhofer Academy setzt sich aus Vertreterinnen und Vertretern der Fraunhofer-Institute zusammen und entscheidet über die Aufnahme neuer Weiterbildungsangebote und Partner-Institute. Außerdem berät das Direktorium die Leitung der Geschäftsstelle und der Sprecher des Direktoriums vertritt die Interessen der Fraunhofer Academy nach Außen.