Die Fraunhofer Academy bietet in Kooperation mit der Rheinisch-Westfälischen Technischen Hochschule (RWTH) Aachen den Studiengang Executive MBA der RWTH Aachen University sowie Zertifikatskurse zum Thema Technologiemanagement an.

Der Masterstudiengang Zerstörungsfreie Prüfung ist ein gemeinsames Angebot der Fraunhofer Academy, des Fraunhofer-Institut für Zerstörungsfreie Prüfverfahren IZFP Dresden und der Dresden International University (DIU).

Mit dem Master Online Photovoltaics bietet die Albert-Ludwigs-Universität Freiburg in Kooperation mit dem Fraunhofer-Institut für Solare Energiesysteme ISE einen internationalen Fernstudiengang an, der sich mit der Forschung, Entwicklung, Produktion und Vermarktung von Photovoltaik beschäftigt.

Der interdisziplinäre Fernstudiengang Umweltwissenschaften (infernum) und die modulare Weiterbildung zum Umweltmanager wird von der Fraunhofer Academy und dem Fraunhofer-Institut für Umwelt-, Sicherheits- und Energietechnik UMSICHT in Kooperation mit der FernUniversität Hagen angeboten.

Der berufsbegleitende Bachelor-Studiengang in Logistikmanagement ist eine Kooperation der Logistics School der Europäischen Fernhochschule Hamburg (Euro-FH), der Fraunhofer Academy und des Fraunhofer-Instituts für Materialfluss und Logistik IML in Dortmund.

Der internationale Master-Studiengang Software Engineering For Embedded Systems ist ein Gemeinschaftprojekt der Fraunhofer Academy und des Fraunhofer-Instituts für Experimentelles Software Engineering IESE mit dem 'Distance and International Studies Center' (DISC) der Technischen Universität Kaiserslautern.

Der Master Online Studiengang Bauphysik wird in Zusammenarbeit mit der Fraunhofer Academy vom Fraunhofer-Institut für Bauphysik IBP und der Universität Stuttgart durchgeführt.